Η Δημόσια Κεντρική Βιβλιοθήκη Κιλκίς διοικείται από το Εφορευτικό Συμβούλιο και τον Προϊστάμενο Διεύθυνσης. Το Εφορευτικό Συμβούλιο είναι το ανώτατο όργανο και έχει τις αρμοδιότητες που προβλέπονται από τον Ν. 3149/2003 «Εθνική Βιβλιοθήκη της Ελλάδας, Δημόσιες βιβλιοθήκες και άλλες διατάξεις». Το Ε.Σ. είναι πενταμελές και αποτελείται από άτομα που προέρχονται από τον χώρο του πολιτισμού, της εκπαίδευσης, της αυτοδιοίκησης, της Eκκλησίας, της επιστήμης ή της παραγωγής. Η θητεία των μελών είναι τριετής και τα μέλη ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
Σύμφωνα με το ΦΕΚ 1020/ΥΟΔΔ/7-12-2020 συγκροτείται το Εφορευτικό Συμβούλιο της Βιβλιοθήκης αποτελούμενο από τους:
1. Αμανατίδης Αναστάσιος του Δημητρίου, Συνταξιούχος ιατρός – πρώην Δήμαρχος Κιλκίς, ως τακτικό μέλος, με αναπληρωματικό μέλος τον Τσερτσίδη Βασίλειο του Θεμιστοκλή, Φιλόλογο.
2. Τατάρογλου Αθανάσιος του Σωτηρίου, Χημικό, ως τακτικό μέλος, με αναπληρωματικό μέλος τη Ζήση Μαρία του Ιωάννη, Θεατρολόγο.
3. Τερζενίδης Κωνσταντίνος του Αλέξανδρου, Εκδότη εφημερίδας, ως τακτικό μέλος, με αναπληρωματικό μέλος τον Τσιλογεώργη Παναγιώτη του Σωτηρίου, Φοιτητή του τμήματος Ιστορίας και Εθνολογίας του ΔΠΘ.
4. Μιχαηλίδου Σοφία του Δημητρίου, Εκπαιδευτικό Α/β’αθμιας Εκπαίδευσης, ως τακτικό μέλος, με αναπληρωματικό μέλος την Πανοδήμου Ελευθερία του Δήμου, Βοηθό ιατρικών και βιολογικών εργαστηρίων, υπάλληλο νοσοκομείου.
5. Κοσμίδης Θεμιστοκλή του Δημητρίου, Αντιδήμαρχο Δήμου Κιλκίς, ως τακτικό μέλος, με αναπληρωματικό μέλος την Παπαδάκη Σουλτάνα του Κωνσταντίνου, Εκπαιδευτικό – Μέλος Κοινότητας Κιλκίς.
Πρόεδρος του Εφορευτικού Συμβουλίου ορίζεται ο κ. Αμανατίδης Αναστάσιος και Αντιπρόεδρος ο κ. Τατάρογλου Αθανάσιος.